Bình luận về tín điều Kitô giáo tội nguyên tổ, ông gọi Thượng Đế là "kẻ ngu ngốc" vì đã cho Adam và Eva nếm trái cấm trên "cây biết điều thiện điều ác", rồi sau đó đuổi hai người ra khỏi thiên đường. Không chỉ dừng ở đây, ông Duterte nói là ông hoàn toàn không tin vào sự tồn tại của Thượng Đế và sẵn sàng về hưu, nếu có ai đó cho ông xem bức ảnh (có thể là ảnh selfie) chụp được Chúa Trời.
Hai năm trước, không lâu sau khi nhậm chức Tổng thống Philippines, ông đã công khai sỉ nhục Đức Giáo Hoàng, và gọi các linh mục Philippines là "lũ chó đẻ" sống trên sự khốn khó của người nghèo. Tổng thống Duterte tuyên bố rằng có những mâu thuẫn không thể hòa giải được với Giáo hội Philippines về ba vấn đề mang tính nguyên tắc: Tổng thống ủng hộ việc áp dụng án tử hình, cho phép ly hôn và hạn chế sinh đẻ. Mà Giáo hội Philippines thì kịch liệt phản đối điều này.
Một số chuyên gia cho rằng, quan điểm chống tôn giáo của ông Duterte hình thành vào những năm 60, hồi ông còn là sinh viên và ủng hộ cánh tả và chỉ trích Giáo hội, đặt Giáo hội ngang với những tên cường hào địa chủ, đế quốc Mỹ, Quỹ tiền tệ quốc tế và các «kẻ thù của nhân dân lao động" khác.
Một số tác giả khác lại nhận định, thái độ phê phán gay gắt đối với Công giáo của ông Duterte thể hiện xu hướng nhân cách yêu mình thái quá. Ông cho rằng mình có đủ tài để đấu khẩu với Tổng thống Mỹ, người đứng đầu Giáo hội, và bây giờ là chính bản thân Thượng Đế.
Tôi nghĩ rằng, những lời xúc phạm đối với nhà thờ và những trụ cột của nhà thờ sẽ làm gia tăng số lượng người bất mãn với ông Duterte. Nhiều tín đồ Kitô giáo sẽ thôi không ủng hộ ông nữa. Đương nhiên, không có nghĩa là họ sẽ đưa vụ việc này tới mức độ luận tội. Đó không phải là cách truất quyền Tổng thống của ông Duterte. Nhưng có thể đây là một cơ hội bổ sung cho những đối thủ chính trị của ông Duterte lọt được vào chính quyền trong đợt bầu cử Tổng thống lần sau. Và đảng dân chủ Philippines của ông mang tên "Chính quyền nhân dân" sẽ bị thua vì ông Duterte không biết giữ mồm giữ miệng.
